Abstracto
- Las arilamidas de bisimidazolina y los compuestos relacionados son aglutinantes de surcos menores de ADN de alta afinidad con preferencia por el AT sobre el ADN rico en GC. Sin embargo, no siempre se observa una mayor selectividad hacia diferentes clases de sitios AT (p. ej., CGAATTCG, CATATATAT) con estas series. En este trabajo, queríamos comprender el efecto de la sustitución de N del anillo de imidazolina en la unión a los sitios AT del ADN. Se estudiaron las relaciones estructura-afinidad de una serie de compuestos de bisimidazolina estructuralmente relacionados mediante titulaciones UV y experimentos de resonancia de plasmones de superficie (SPR) utilizando ADN de esperma de pez y diferentes oligonucleótidos de horquilla. Encontramos que en esta serie, la presencia de grupos N1-OH mejora la afinidad de unión al oligonucleótido CGAATTCG de dsDNA, lo que resulta en una mayor selectividad para el dsDNA que contiene AATT sobre (AT)4 Secuencias. Los modelos de acoplamiento mostraron que los derivados N-hidroxi se unen en una conformación más plana a la secuencia de ADN CGAATTCG, muestran interacciones de van der Waals más favorables y muestran enlaces H adicionales con las bases y la columna vertebral azúcar-fosfato.